La lucha que se libraba entre los trinitarios, liderados por Duarte, y los partidarios de que la recién proclamada independencia dominicana se hipotecara a Francia no ha tenido un trato de mucha relevancia en la historia tradicional dominicana. Hay una nube de humo que oculta o muestra poco lo acontecido. Es cierto que no han quedado muchos documentos ni muchos registros históricos sobre algunos de los hechos que se produjeron entre los meses de marzo y julio de 1844. Aun así, lo poco que conservó Rosa Duarte de las memorias de su hermano, nos da suficiente información para esclarecernos.
Desde antes de que se concretara el plan que derrocó a Boyer e instaló el gobierno de La Reforma en Haití, el cónsul francés Saint Denys venía maniobrando en procura de crear condiciones futuras para recuperar el control de Haití, que había sido la colonia gala más rica hasta que se produce la insurrección de los esclavos y la proclamación de la primera república negra.
Los tentáculos de dicho cónsul se extendieron entre elementos de la parte española, algunos de los cuales estaban vinculados al esquema de gobierno haitiano. Así surgió el llamado partido afrancesado, que venía actuando desde antes de la independencia, liderado por Tomás Bobadilla. Su propósito era desprender la parte española del dominio haitiano y vincularla a Francia, para tener una cabeza de playa a fin de usarla para someter nuevamente a Haití.
En los albores de la proclama febrerista eran tan activos los afrancesados que los propios líderes de La Trinitaria temían que se adelantaran a la revolución, lo que los llevó a agilizar el paso de sus acciones en procura de la separación de Haití y la independencia plena, lejos de toda dominación de potencias extranjeras.
El hecho de no estar presente Duarte cuando se proclamó la independencia, les permitió a los afrancesados ganar terreno e instalarse hegemónicamente en la recién conformada Junta de gobierno. Cuando el fundador de La Trinitaria se incorpora a dicho órgano en calidad de vocal, el proyecto de someter la naciente República al protectorado galo había cobrado cuerpo y ya se encontraba redactado. Esto encontró su inmediato y enérgico rechazo, dando inicios a las confrontaciones que terminarían con la expulsión de por vida del patriota.
La aparente vacilación de Pedro Santana frente a las tropas haitianas acantonadas en Azua, cuando el general Duarte insistía en avanzar y aniquilar la amenaza, formó parte de aquella trama traidora de embargar la naciente república. Bobadilla, Santana y sus cómplices necesitaban la permanencia de la amenaza haitiana para justificar la necesidad del Protectorado. Por eso, el patricio es devuelto a Santo Domingo por orden de la Junta, porque insistía en la derrota definitiva de las tropas enemigas y si esto ocurría se hacía evidente la inutilidad de buscar una sombrilla extranjera.
Cuando ya se hizo insoportable el nivel de entreguismo, concretado en una segunda ofensiva de los afrancesados por hacer firmar el ominoso tratado a finales de mayo del 1844, además de recurrir a una oposición férrea en la voz del insigne patriota, no les quedó otro camino a los trinitarios que organizar el desplazamiento de los traidores de sus posiciones en el gobierno y ordenar además su apresamiento y fusilamiento. Esto ocurrió el día 9 de junio, quedando Sánchez al frente de la Junta de gobierno hasta que un mes después el cónsul Saint Denys y la banda liderada por Bobadilla, trajo al poder e instaló la dictadura de Pedro Santana.
